La connaissance des sites passe par des études approfondies visant à recenser les espèces et les milieux, à évaluer leur état de conservation et à proposer des mesures de gestion adaptées.
Tous les diagnostics écologiques sont pris en charge intégralement par le Conseil départemental. Pour chaque ENS faisant l’objet d’une démarche de protection, un plan de gestion biologique est élaboré.
Ce document préconise les actions et les mesures à mettre en place à long terme sur le site en fonction de ses enjeux (espèces protégées, menaces, contraintes…).

Les acteurs locaux sont un maillon essentiel de la démarche de préservation des ENS puisque la maîtrise d’ouvrage des projets leurs est confiée. En effet, ils restent propriétaires des terrains et peuvent bénéficier de retombées intéressantes pour l’image de leurs territoires. Leur implication dans les démarches de préservation est gage de pérennité.

Les aides financières en faveur des projets portés par les collectivités peuvent s’élever jusqu’à 80 % du montant des actions de protection et de restauration des ENS : parmi ces aides, le Conseil départemental prend en charge au maximum 50 % et les 30 % restants sont recherchés auprès des partenaires de la politique ENS (Agence de l’eau Rhin Meuse, Agence de l’eau Rhône Méditerranée et Corse, Conseil Régional…). Les particuliers peuvent également bénéficier d’un maximum de 50 % d’aides financières du Département.

La gestion biologique du site à long terme se fait par l’intermédiaire d’acteurs spécialisés en matière de protection des espaces naturels (associations, ONF, fédération de pêche…). Une fois choisi, le gestionnaire biologique prend à sa charge les opérations de gestion définies pour le site.